Na votação secreta, o voto de cada parlamentar não é divulgado. Foi muito usada historicamente para eleições da Mesa, julgamento de processos contra parlamentar, e cassação de mandato — situações em que se argumentava que o voto aberto criaria pressão indevida.
A Emenda Constitucional 76/2013 acabou com a votação secreta nos seguintes casos: perda de mandato, julgamento de veto presidencial. Tornou-se exceção, restrita a poucas situações regimentais.
A tendência foi de abertura por demanda da sociedade — o argumento de "proteção do parlamentar" perdeu força frente ao princípio de transparência.